作為東部地區唯一的一所綜合性國立大學，東華大學有責任和義務帶動東部地區整體的發展，提升花東地區的產業水準以及滿足大眾追求知識的需求，因而率先在民國八十八年七月成立企管系碩士在職專班（以下簡稱企管系碩專班）。之後更於九十三學年度九月同步招收高階企業管理碩士學分班、高階經營管理碩士在職專班（即高階經管碩專班、EMBA班，以下簡稱本班），及在民國九十五學年度起成立國際企業學系碩士在職專班（以下簡稱國企系碩專班）。

自九十六學年度起，EMBA班及企管系、國企系碩專班組織型態有作稍微調整變動。於九十六學年度以前是由院長或聘任院裡教師兼任執行長，自九十六學年度起本班則是增設班主任一名，以期組織型態能更健全及權責劃分也能夠更加明確。經多年努力耕耘，碩專班學生規模不亞於一般系所。而管理學院亦已成為由推廣班、學士班、碩士班（含EMBA班及碩專班）到博士班一系列整合服務、教學及研究為一體的學術單位。